Von 1987 bis 1994 unterrichtete er Deutsch als Fremdsprache am Walter-Seidlhofer-Institut Salzburg (IFK-Deutschkurse Salzburg), 1989-2005 am Institut für Germanistik (bzw. Fachbereich Germanistik) der Universität Salzburg. 1990-1992 fungierte er als pädagogischer Leiter der Sommeruniversität Pinkafeld (Burgenland), 1993-1996 des Sommerkollegs Semmering, jeweils für Studierende aus osteuropäischen Ländern.
1994 begann eine rege internationale Vortragstätigkeit (besonders im Bereich Deutsch als Fremdsprache, Schwerpunkt: österreichische Literatur), u.a. in Ägypten, Algerien, Argentinien, Brasilien, Bulgarien, China, Dänemark, Griechenland, Italien, Mexiko, den Niederlanden, Norwegen, Polen, Schweden, der Ukraine, Ungarn sowie den USA. Außerdem leitete er zahlreiche Fortbildungsveranstaltungen für internationale Deutsch-als-Fremdsprache-Lehrende sowie für Lehrende an Allgemeinbildenden und Berufsbildenden Höheren Schulen.
Daneben lehrt er an der Paris-Lodron-Universität Salzburg, wo er auch als Resident Director für den Salzburg Campus der Bowling Green State University (Ohio, USA) zuständig ist. Er ist Mitglied im Herausgeberteam der 22-bändigen Thomas-Bernhard-Werkausgabe (unter der Leitung von Martin Huber und Wendelin Schmidt-Dengler), Mitherausgeber des Thomas-Bernhard-Jahrbuchs sowie Mitglied im Editorial Board der Zeitschrift Modern Austrian Literature. Außerdem ist er Generalsekretär der Internationalen Thomas-Bernhard-Gesellschaft und Ordentliches Mitglied des Adalbert-Stifter-Instituts des Landes Oberösterreich.
1996 war er Lehrbeauftragter an der Universität Klagenfurt, von 2002 bis 2005 an der Universität Mozarteum (Salzburg), 2004 und 2005 an der Universität Wien. Im Rahmen internationaler Abkommen der Universität Salzburg lehrte er an den Universitäten Veliko Tarnovo/Bulgarien und Debrecen/Ungarn. Von 1997 bis 2003 leitete er jeweils (zus. mit Christian Schacherreiter) den Sektor "Literatur" bei der Sommerakademie zur Förderung hochbegabter GymnasiastInnen des Landesschulrates für Oberösterreich.
Manfred Mittermayer arbeitet als Key Researcher am Ludwig Boltzmann Institut für Geschichte und Theorie der Biographie. In dieser Funktion betreut er die Programmlinie zu Thomas Bernhard und arbeitet an weiteren Schwerpunkten des Instituts mit, u.a.: Erzählanalyse in Anwendung auf Biographien, Gattungsgrenzen und -vergleiche, Biographie/Autobiographie sowie Biographie und Film.

Auf die Frage hin, ob es möglich wäre mir eine kleine Anekdote über seine Schulzeit in unserer gemeinsamen Schule zu schreiben, antwortete Manfred Mittermayer mir folgendes:

"Ich habe einige Zeit nachgedacht, ob mir eine geeignete Geschichte einfällt. Im Grunde bin ich kein großer Freund von Anekdoten - wenn sie nicht gerade von jemandem wie Heinrich von Kleist verfasst sind.
Wenn ich an meine vier Jahre in der Honauerstraße denke, fallen mir zunächst Dinge ein, die entweder sehr privat oder wenig erzählenswert oder eher peinlich sind. Ich habe auch keine starke Neigung zur Nostalgie.
Ich kann sagen, dass ich keinen einzigen Lehrer bzw. keine Lehrerin hatte, über den oder die ich wirklich Schlimmes sagen müsste. Und das ist schon etwas recht Positives; es trifft durchaus nicht bei allen zu, mit denen ich mich über ihre Schulzeit unterhalten habe. An einige der Menschen, die uns unterrichtet haben, erinnere ich mich durchaus mit Sympathie.
Ich hatte Glück mit unserem Klassenvorstand. Er hieß Johann Krebs und war Musiklehrer, aber auch sonst kulturell sehr interessiert. Unsere Klavier- oder Orgelstunden waren deshalb nicht nur der Musik, die ich von allen Künsten immer am meisten geliebt habe, sondern immer wieder auch der Literatur gewidmet. Mit ihm habe ich z. B. zum ersten Mal über Thomas Bernhard gesprochen, dessen Werk später in meinem beruflichen Leben eine große Rolle spielen sollte.
Die Stimmung in unserer Klasse und überhaupt in der gesamten Schule empfand ich im Großen und Ganzen als angenehm. Immerhin gehe ich bis heute gern auf Klassentreffen; auch das gilt nicht für alle Freundinnen oder Freunde, mit denen ich über ihre Schulzeit spreche.
Trotzdem ist es eine sehr ferne Zeit, und ich habe den Eindruck, dass die wesentlichen Horizonterweiterungen und die im positiven Sinn prägenden Erlebnisse in meinem Leben erst nach der Matura passiert sind."